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11 / 12- MolE: 分子グラフ学習用のトランスフォーマー モデル
- 2024-11-12 18:04:48
- 分子グラフ学習用のトランスフォーマーベースのモデルである MolE を紹介します。 MolE は、原子識別子とグラフ接続性の両方を入力トークンとして提供することにより、分子グラフを直接操作します。原子識別子は、さまざまな原子プロパティを 1 つの整数にハッシュすることによって計算され、グラフの接続性はトポロジカル距離行列として与えられます。 MolE は、その基本アーキテクチャとして Transformer を使用します。これは、以前にグラフにも適用されていました。変圧器の性能は、セルフアテンション機構の広範な使用に大きく起因すると考えられます。標準のトランスフォーマーでは、入力トークンはクエリ、キー、値 \(Q,K,V\in {R}^{N\times d}\) に埋め込まれ、次のように自己注意を計算するために使用されます。
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